Дело в том, что согласно приказу 191н (вырезка из приказа п.23:
...
Справка (ф. 0503125) составляется нарастающим итогом с начала финансового года на основании данных, отраженных на отчетную дату:
на соответствующих счетах счета 030404000 "Внутриведомственные расчеты" для консолидации внутренних расчетов между главным распорядителем, распорядителем и получателями бюджетных средств, администраторами источников финансирования дефицита бюджета, администраторами доходов бюджета по движению между ними финансовых, нефинансовых активов и обязательств;

...
на счетах 040120241 "Расходы на безвозмездные перечисления государственным и муниципальным организациям", 040110180 "Прочие доходы" для консолидации расчетов по безвозмездной передаче (получению) финансовых, нефинансовых активов и обязательств между получателями бюджетных средств (администраторами доходов бюджета, администраторами источников финансирования дефицита бюджета) (далее в целях настоящей Инструкции - учреждения), подведомственными разным главным распорядителям бюджетных средств (главным администраторам доходов; главным администраторам источников финансирования дефицита) одного бюджета;
...

в ф. 125 по счетам 40120241/40110180 должны быть отражены расчеты между ГРБС одного бюджета или подведомственным разных ГРБС одного бюджета (т.е. код Главы контрагента должен отличаться от кода ГРБС).

В данном случае (судя по данным ф. 125 Минздрава Республики Тыва) по счету 40120241 отражены внутриведомственные расчеты (т.е. расчеты ГРБС со своими подведомственными).
А Контроль между ф. 125 ГРБС, который сейчас дает ошибки, настроен согласно приказу 191н.
Поэтому в данном случае нужно либо переносить данные на раздел 30404000, либо игнорировать ошибки.